寺院的建筑被称为伽蓝,伽蓝的意思是僧侣修行的清净之地。禅宗寺院主要的伽蓝是法堂、佛殿、僧堂、库院、山门、东司、浴室、被称为七堂伽蓝。其中僧堂、东司、浴室是修行必须要止语的三个重要场所,被称为“三默道场”。
建于1749年,在七堂伽蓝建筑中最为古老的建筑,中国唐代式样的建筑风格。两侧是被称为佛教守护神的四天王。楼上有供奉五百罗汉的罗汉堂。每天僧人们会在罗汉堂诵经。
1930年改建的,地下一层地上四层的木制建筑。里面有负责厨房餐食的典座寮,以及管理永平寺的其他部门。一楼是负责厨房事物的典座寮,正面供奉着“韦陀尊天”,道元对厨房供斋和僧人用斋的规矩写了两本著作《典座教训》,《赴粥饭法》。
1902年改建的僧人们修行的场所。僧侣日常打坐,过堂,就寝的都在这里。正面悬挂的匾额写着“雲堂”,内供奉象征智慧的文殊菩萨像,周围有容纳90名僧人打坐修行生活的“单”。
永平寺的最高处,早课以及各项重要法会的场所。方丈说法的地方,正如正门悬挂的匾额‘法王法’所示。大殿正中供奉观世音菩萨像,除了方丈上堂说法以外,每日的早课和平时的各种法会都在这里举行。
位于七堂伽蓝中心的位置,供奉着曹洞宗本尊释迦牟尼佛。1902年改建,正中间供奉的是曹洞宗本尊释迦牟尼佛,左边是弥勒佛,右边是阿弥陀佛。正上方悬挂“祈祷”匾额,午晚课在这里进行,祈愿世界和平,万民安乐。
入浴也是重要的修行,这里也是身心清净之道场,正面供奉跋陀婆罗菩萨。“沐浴千人,净水如初”,沐浴也是让自己身心清净的修行。
洗手间,正面供奉【乌枢沙摩明王】,道元在他的著作【正法眼藏】里写道:上厕所也是修行,要按照规矩来进行。
1994年改建的,一楼是参访者的休息室,二楼称为“绘天井之间”,面积156曡的天花板由230幅彩画组成,这些画是由144位日本著名画家于1930年绘制的。
这里是道元祖师殿,供奉道元禅师木制造像。承陽寓意佛法之传承,永平寺作为曹洞宗的发祥地,也被称为曹洞宗的圣地。
供奉着往生牌位,每天都会举行超度诵经仪式。里面是舍利殿,正中供奉地藏菩萨。
1996年建成的纳经塔,每天早课的时候都会诵经给纳经大众们祈福回向。
永平寺博物馆,里面保存并展出日本国宝【普劝坐禅仪】以及绘画,法器,书籍等永平寺历代传承下来的千件宝物和大量古文献资料。
里面有道元出家时造像,一起远渡中国求法的恩师明全和尚墓塔,和中国正师如净禅师的墓塔。永平寺历代祖师的墓塔,以及祠堂殿的灵骨堂。